《X档案》第五季是由金·曼纳斯导演,大卫·杜楚尼、吉莲·安德森、米彻·佩勒吉、威廉·B·戴维斯、汤姆·布莱德伍德、迪恩·哈格鲁德、布鲁斯·哈伍德和约翰·芬主演的电视剧。本季延续了上一季的故事情节,穆德意外受骗后与史考莉合谋欺骗政府高层,潜入一个对普通FBI特工来说禁区的地方,以收集所需资料。剧情越发精彩,一些未被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架并移除子宫,然而奇迹般地出现了她的女儿艾蜜莉。本季制作组还邀请了两位知名科幻小说家客串编写两集剧本,并增加了一集喜剧元素。为配合电影上映,《X档案》加入了新角色和内容, 辛迪加组织的阴谋日益显露,穆德再次接近真相。穆德的前女友的出现也对他与史考莉之间的关系造成了重大考验。该季以吸烟人焚毁所有X档案卷宗作为结局……